公元前308年4月，船队离开南美来到了中美地峡巴拿马（“渔村”），这里是南北美洲的连接处最窄的地方。主要矿产有金、银、铜、铁、汞、铝土、锰、盐、石油等，其中铜、盐、铝土的储量比较大。森林资源也丰富，而且树种多，有桃花心木、西洋杉、柚木、红木、雪松等名贵木材，东部连接南美的地区林木资源最丰富。
巴拿马西部和哥斯达黎加的印第安人，属于塔拉曼坎(Talamancan)民族，该族还有布里布里人(Bribri)、卡维卡尔人(Cabecar)、昌吉纳人(Changuena)、多拉斯克人(Dorasque)、特拉瓦人(Terraba)、格塔尔人(Guetar)、博托人(Voto)、拉马人(Rama)、瓜图索人(Guatuso)以及圭米人(Guaymi)，他们的语言属于马克罗-奇布查语族。其中，博卢卡人与布里布里人、圭米人有很多共同的地方。
巴拿马地区的语言属于印第安马克罗-奇布查语族，有帕亚语、拉马语、瓜图索语、韦塔尔语、卡维卡尔语、布里夫里语、博鲁卡语等。其中，韦塔尔语、昌赫纳语、多拉斯克语、阿坦克斯语、穆伊斯卡语、伊卡语、安蒂奥基亚语等7种语言在两千多年后都陆续消亡。
帕特罗克勒斯通过对巴拿马地区的水文地理的探查，发现这里巴拿马中部有一个湖，而南北总长11.8帕拉桑，而实际湖中的部分占了一半，剩下只需要开凿一半长度就可以了。
太平洋和大西洋的产生的水位差，原因主要是盐度差异、海水密度、地形结构差异、洋流和风力影响、地球自转运动。
大西洋的盐度较高，平均盐度约为3.6%，而太平洋的盐度相对较低，平均盐度约为3.2%。这种盐度差异导致了大西洋和太平洋海水的不相容性。高盐度的海水密度较大，而低盐度的海水密度较小，从而形成了大西洋深层水。这种密度差异也导致了两大洋海水的界限明显。
巴拿马附近的太平洋位于热带辐合带，降雨量充沛，雨水会淡化海水中的盐分，导致太平洋的盐度和密度较低。而大西洋的盐度和密度较高，这种差异影响了两洋的海水密度和盐度，进一步影响了海水的物理和化学性质。
太平洋的海底是一个高低不平的山脉，水流比较湍急，水位很深。相比之下，大西洋的海底是一个相对平坦的盆地，水流平缓，水位相对较浅。这种地形结构的差异导致了两个大洋的水位深度相差很多，进一步加剧了两洋之间的水位差异。
在巴拿马运河附近，受到寒流的影响，寒流不断将水带到巴拿马河附近，使得太平洋一侧的水位比大西洋高。此外，巴拿马运河太平洋一侧经常刮起信风，这对水位的升高也起着推波助澜的作用。
最后，虽然地球的自转运动使得海平面处在一个相对平稳的状态，但在一些地区存在特殊性，如墨西哥的强暖流可以致使加勒比海的海水受到对流的影响被冲走，导致海平面出现高低差。
因此，在这些因素共同作用下，使得两洋之间的水位和海水性质存在显着差异，从而维持了它们之间的“自动隔离”状态，使得太平洋和大西洋之间的水位差异不会自行变平。
改为海峡的话，相邻海面的落差会导致海水的流动，风浪会相当的大，船只在运河中航行就容易发生事故，因此船使用船闸可以降低行船风险。
但其实后世巴拿马运河使用船闸还有一个重要原因是成本问题，他们没有挖穿山体，还利用了原来的湖泊。运河高于两测的大洋，一开始法国公司要挖海平面运河，最后发现两大洋之间的水位有落差，加上中美洲的天气导致劳工大量死亡，最后工程搞不下去，公司破产。后面美国接手，用船闸减少了工程量。由于运河所在海拔比海平面高很多，深度只有只有十几米，而两侧和大洋的落差却有26米，在不增加劳动量的情况下不用船闸，运河里的水会流完。
但即使这样，这条全长65千米，水深13米到15米不等、宽度在150米至304米左右、整个运河的设有6座船闸的巴拿马运河，挖掘历时35年，实际开挖时间是25年（剩下10年完全是在扯皮），前后估计投入十几万人，死亡总数达六七万人。
为了建造巴拿马运河，法国付出了3亿美元，美国又追加了3亿7千5百万美元，共挖掘了2亿5千9百万立方米的土石量，用了450万方混凝土，最多时有4万工人同时施工，前后总共有3万多工人因此丧生。
而提前两千多年开凿这条运河，在开凿6米深度、40米宽度的情况下，工程量将减少10倍。当然，受限于工程技术的发展，开凿时间自然不可能缩减10倍。
为了开凿这条运河，连接两大洋，帕特罗克勒斯准备从工业发达的旧大陆运输来了几十架大型凿机、锤机和吊车，以及相关工程师，用以开凿和粉碎石块并短距离转移集中石块或土块。由于地峡附近地处热带雨林地区，潮湿闷热、雨季暴雨多发、丛林密布、交通闭塞、地形复杂，各处水域中滋生着大量的蚊虫，这是能引发疟疾和黄热病的，卫生条件极其恶劣。
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